JPK CIT wprowadza zupełnie nowy model komunikacji z fiskusem — podatnicy muszą nie tylko prowadzić księgi rachunkowe elektronicznie, ale też co roku przekazywać je administracji skarbowej w ustrukturyzowanej formie XML. W praktyce oznacza to konieczność powiązania zapisów księgowych z kalkulacją podatkową, dostosowania planu kont oraz uzupełnienia ewidencji o dodatkowe elementy wymagane przez nowe struktury.
Raportowanie obejmuje dwa główne pliki: JPK_KR_PD, czyli rozszerzone księgi rachunkowe (m.in. o numery NIP kontrahentów, numery faktur z KSeF, znaczniki kont i różnice między wynikiem finansowym a podstawą opodatkowania), oraz JPK_ST_KR — ewidencję środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych. Pliki składa się wraz z rocznym zeznaniem CIT, co daje organom skarbowym bezpośredni wgląd w dane źródłowe firmy.