Menu
Menu
Krajowy System e-Faktur (KSeF)
Wszczęcie postępowania podatkowego – kiedy fiskus może to zrobić i jak się przygotować
Podatki

Wszczęcie postępowania podatkowego – kiedy fiskus może to zrobić i jak się przygotować

30.12.2025-dr Krzysztof Staniek
Skontaktuj się z autorem
Krzysztof Staniek
dr Krzysztof Staniek
Doradca podatkowy | Radca Prawny
Partner zarządzający
krzysztof.staniek@staniekandpartners.com
Specjalizacje autora

Czas czytania: 1 minuta

Wszczęcie postępowania podatkowego to moment graniczny między kontrolą a formalnym sporem z organem skarbowym. W praktyce to właśnie wtedy przedsiębiorca po raz pierwszy staje się stroną postępowania w rozumieniu Ordynacji podatkowej. Od tej chwili jego działania – lub zaniechania – będą miały bezpośredni wpływ na wynik sprawy. Dlatego warto wiedzieć, kiedy urząd może wszcząć postępowanie, jak powinien to zrobić zgodnie z prawem i jak przedsiębiorca może się do tego przygotować.

Czym jest wszczęcie postępowania podatkowego

Zgodnie z art. 165 §1 Ordynacji podatkowej (o.p.), postępowanie podatkowe wszczyna się:

  • z urzędu, jeśli organ uzna, że zachodzi potrzeba ustalenia, określenia lub wymierzenia podatku, albo
  • na wniosek strony, np. w sprawach nadpłaty, stwierdzenia nieważności decyzji czy wznowienia postępowania.

Moment wszczęcia postępowania jest nie tylko formalnym początkiem sprawy, ale też początkiem obowiązków procesowych organu – musi on odtąd działać w granicach zasad ogólnych z art. 120–129 o.p., w tym zasady zaufania, prawdy obiektywnej i czynnego udziału strony.

Co istotne, samo wszczęcie postępowania nie jest jeszcze dowodem na to, że podatnik dopuścił się naruszenia prawa. To dopiero sygnał, że fiskus powziął wątpliwości i chce je wyjaśnić w trybie formalnym.

Kiedy fiskus może wszcząć postępowanie z urzędu

Wszczęcie postępowania z urzędu jest dopuszczalne wyłącznie wtedy, gdy organ posiada wiarygodne przesłanki, że zobowiązanie podatkowe mogło zostać określone nieprawidłowo.
Podstawą mogą być m.in.:

  • wyniki kontroli podatkowej lub czynności sprawdzających (art. 282a o.p.),
  • dane z systemów JPK, STIR, e-Faktura,
  • ustalenia z postępowań innych organów (np. celnych, karnych skarbowych),
  • zawiadomienia sygnalistów, instytucji finansowych czy kontrahentów.

Zgodnie z art. 165 §5 o.p., postępowanie z urzędu uważa się za wszczęte z dniem doręczenia stronie zawiadomienia o jego wszczęciu.
Brak prawidłowego zawiadomienia powoduje nieważność czynności – podatnik musi wiedzieć, że jest stroną postępowania.

Wszczęcie postępowania na wniosek podatnika

Postępowanie może być też wszczęte na wniosek strony – to rzadziej używana, ale bardzo ważna forma.
Z wnioskiem można wystąpić m.in. o:

  • stwierdzenie nadpłaty podatku (art. 72 i 75 o.p.),
  • uchylenie lub zmianę decyzji ostatecznej (art. 253 o.p.),
  • wznowienie postępowania (art. 240 o.p.),
  • stwierdzenie nieważności decyzji (art. 247 o.p.).

Wnioski te stanowią istotny element ochrony podatnika – pozwalają wzruszyć decyzje obarczone błędami organu.

Co ważne, organ nie może odmówić wszczęcia postępowania, jeśli wniosek spełnia wymogi formalne – w przeciwnym razie naraża się na zarzut bezczynności.

Jak powinno wyglądać zawiadomienie o wszczęciu postępowania

Zgodnie z art. 165 §4 o.p., zawiadomienie o wszczęciu postępowania musi zawierać:

  • oznaczenie organu podatkowego,
  • datę i podstawę prawną wszczęcia,
  • wskazanie zakresu sprawy,
  • pouczenie o prawach i obowiązkach strony.

W praktyce często spotykamy się z zawiadomieniami lakonicznymi, nieprecyzyjnie określającymi zakres sprawy (np. „w zakresie rozliczeń CIT”).

Brak konkretnego wskazania przedmiotu postępowania może naruszać zasadę zaufania (art. 121 o.p.) i pozbawiać podatnika możliwości efektywnej obrony.

Zawiadomienie powinno być doręczone w sposób prawidłowy – na adres siedziby spółki lub jej pełnomocnika (art. 144–151 o.p.).

Błędne doręczenie to najczęstszy powód uchylenia decyzji w NSA – jak pokazuje wyrok WSA w Łodzi z 9.05.2018 r. (I SA/Łd 384/18), nieprawidłowe doręczenie zawiadomienia uniemożliwia ważne wszczęcie postępowania.

Co może fiskus po wszczęciu postępowania

Po wszczęciu organ uzyskuje szerokie uprawnienia, ale jednocześnie musi działać w granicach prawa.
Może m.in.:

  • żądać dokumentów i danych księgowych,
  • wzywać do złożenia wyjaśnień,
  • przesłuchiwać świadków i biegłych,
  • przeprowadzać dowody z dokumentów elektronicznych,
  • weryfikować transakcje między podmiotami powiązanymi.

Fiskus nie może nadużywać swoich kompetencji.
Nie wolno mu:

  • stosować przymusu nieprzewidzianego prawem,
  • żądać dowodów niemożliwych do uzyskania (tzw. probatio diabolica),
  • wydłużać postępowania bez uzasadnienia,
  • działać wbrew zasadzie proporcjonalności (art. 121 o.p.).

W świetle orzecznictwa NSA (wyrok z 15.06.2023 r., III FSK 59/23) organ powinien prowadzić postępowanie tak, aby nie utrudniać działalności gospodarczej podatnika i nie narażać go na nieuzasadnione koszty.

Jak przedsiębiorca powinien przygotować się do wszczęcia postępowania

Zweryfikuj formalność pisma

Sprawdź, czy zawiadomienie zawiera wszystkie elementy wymienione w art. 165 §4 o.p. oraz czy zostało doręczone prawidłowo.
W razie wątpliwości złóż pismo o doprecyzowanie zakresu postępowania – to Twój formalny ślad.

Ustanów pełnomocnika

Pełnomocnik (art. 138a o.p.) ma prawo uczestniczyć w każdym etapie postępowania, składać wnioski dowodowe i odbierać korespondencję.
Obecność profesjonalnego pełnomocnika eliminuje ryzyko pominięcia terminów czy błędów proceduralnych.

Zgromadź dokumentację

Zbierz faktury, ewidencje, umowy i korespondencję z kontrahentami.
Dobrze przygotowana dokumentacja to najskuteczniejsza obrona.
Jak pokazuje praktyka KAS, pierwsze wezwania dotyczą najczęściej braku dowodów gospodarczej zasadności wydatków.

Przygotuj linię obrony

Wspólnie z doradcą opracuj argumentację – wskaż dowody na rzetelność transakcji i faktyczne wykonanie usług.
Dzięki temu unikniesz chaotycznych odpowiedzi i niepotrzebnych sprzeczności.

Reaguj na każde wezwanie organu

Milczenie podatnika jest błędem. Zgodnie z art. 122 o.p. organ ma obowiązek dążyć do prawdy, ale bierna postawa strony ułatwia mu przyjęcie własnej wersji wydarzeń.

Częste błędy urzędów przy wszczynaniu postępowań

  1. Brak zawiadomienia o wszczęciu postępowania – działanie „na podstawie kontroli” bez formalnego rozpoczęcia.
  2. Nieprawidłowe doręczenie – wysłanie na stary adres lub do osoby nieuprawnionej.
  3. Zbyt ogólny zakres sprawy – uniemożliwia podatnikowi przygotowanie obrony.
  4. Zawieszenie postępowania bez podstawy – często w celu „przerwania biegu przedawnienia”, co krytykuje dr Karolina Tetłak (Zawieszenie biegu terminu przedawnienia, 2024).
  5. Prowadzenie postępowania równolegle z kontrolą – narusza zasadę jednoinstancyjności postępowania (art. 165 §7 o.p.).

Każde z powyższych naruszeń może stanowić istotne uchybienie proceduralne, skutkujące uchyleniem decyzji w postępowaniu odwoławczym lub sądowym.

Jakie prawa ma przedsiębiorca po wszczęciu postępowania

Po doręczeniu zawiadomienia podatnik zyskuje status strony postępowania i pełne prawa procesowe:

  • wgląd do akt sprawy (art. 178 o.p.),
  • składanie wniosków dowodowych (art. 188 o.p.),
  • czynny udział w czynnościach (art. 123 o.p.),
  • prawo do informacji o przebiegu postępowania (art. 121 §2 o.p.),
  • prawo do składania zastrzeżeń przed wydaniem decyzji (art. 200 o.p.).

W praktyce oznacza to, że od chwili wszczęcia przedsiębiorca przestaje być „obiektem kontroli”, a staje się aktywnym uczestnikiem procedury.

Otrzymałeś zawiadomienie o wszczęciu postępowania?

    Wyślij wiadomość

    Podsumowanie – od reakcji zależy wynik

    Wszczęcie postępowania podatkowego nie jest jeszcze wyrokiem, ale sygnałem alarmowym, że fiskus ma zastrzeżenia do rozliczeń spółki. Odpowiednie przygotowanie do tej fazy – weryfikacja pisma, zabezpieczenie dokumentów, współpraca z doradcą – decyduje o dalszym przebiegu sprawy.

    Nasza kancelaria rekomenduje, by już na tym etapie działać aktywnie, precyzyjnie i z pełną świadomością procedury. Dzięki temu przedsiębiorca nie tylko chroni swoje prawa, ale często jest w stanie zakończyć spór z fiskusem jeszcze przed wydaniem decyzji.

    W postępowaniu podatkowym obowiązuje prosta zasada:

    ➡ Kto reaguje od pierwszego dnia, ten ma przewagę do ostatniego.